La región nororiental del Perú es uno de los centros de origen del cacao debido a la gran diversidad de este cultivar. El objetivo de este estudio es, por tanto, buscar diferentes grupos genéticos de 146 ecotipos de cacao nativo de fino aroma de la región nororiental del Perú, con base en los descriptores morfológicos de vainas, semillas, sensoriales, rendimiento y altitud de muestreo. Los datos fueron analizados mediante estadística multivariada; se realizó un análisis de conglomerados con las variables numéricas y categóricas, seguido de un análisis de componentes principales (ACP) y la prueba de comparación de medias DGC (Di Rienzo, Guzmán y Casanoves) para los datos numéricos. Para los datos categóricos se realizaron tablas de contingencia y análisis de correspondencias múltiples (ACM). Diferenciamos 5 grupos genéticos; De hecho, las características sensoriales de las flores y las vainas, el tamaño y el peso de las semillas y el índice de las vainas fueron cruciales para separar los grupos. Los ecotipos de los grupos denominados “Indes” y “Bagüinos” reportaron las mejores características sensoriales con altas notas florales y frutales y con un buen rendimiento expresado en índice de vaina (13.88 y 11.88, respectivamente). Además, estos ecotipos se encuentran en altitudes medias y altas, por encima de los 500 m snm, factor que les permite expresar sus atributos sensoriales y productivos. Por el contrario, los ecotipos conocidos como “Toribianos” y “Cajas” reportan los índices de vaina más altos (20,77 y 16,78, respectivamente), lo que resulta en una baja productividad. En el futuro, la variabilidad de los ecotipos encontrados ayudará a establecer programas de mejoramiento genético que contribuyan al desarrollo del cultivo del cacao en general.